医学系成立于2003年，下设内科学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室、诊断学教研室、中西医结合教研室、五官科教研室、预防医学教研室、医学营养教研室、康复教研室和卫生管理等11个教研室及1个临床实训中心。开设的专业有临床医学、康复治疗技术和医学营养等专业。

医学系拥有一支治学严谨、结构合理、充满活力的教师团队。医学系教师先后承担了省、厅级科研课题和教学改革项目50余项，获得省级、厅级和校级科研及教研奖励60余项，发表学术论文400余篇，组织编写和参编教材专著70余部，获得国家应用发明专利50余项。